Namun, saat akan dilakukan eksekusi mati, Callum Lynch diselamatkan oleh Abstergo Industries.
Abstergo Industries sendiri merupakan sebuah perusahaan sains yang hendak mereinkarnasi Ordo Templar.
Menjadikan Callum Lynch sebagai kelinci percobaan.
Ilmuwan kepala perusahaan, Dr. Sophia Rikkin, mengungkapkan jika Callum Lynch adalah keturunan dari Aguilar de Nerha.
Yakni anggota dari perintah rahasia dari pembunuh yang selama berabad-abad telah menentang Ordo Templar.
Ia juga merupakan seorang ksatria di Andalusia (Spanyol).
Abstergo Industries mengirim Callum Lynch ke masa 400 tahun yang lalu melalui mesin waktu.
Serta menghidupkan kembali kenangan Aguilar de Nerha, sehingga Abstergo Industries dapat mengetahui teny Apple Eden.
Sementara itu, di Spanyol, 1492, Aguilar de Nerha dan rekannya Maria dikerahkan untuk menyelamatkan Pangeran Ahmed de Granada.