Pengalaman inilah yang membuat pemahamannya atas masalah hukum terus menguat. Seusai lulus, ia pun aktif di luar sebagai aktivis pejuang HAM.
Nama Munir makin mencuat ke permukaan dan membuat pemerintaran Orde Baru gerah saat Munir membela aktivis yang hilang karena penculikan. Saat itu beredar kabar pelakunya adalah Tim Mawar dari Kopassus TNI AD.
Berbagai kasus besar pun ia tangani. Seperti menjadi penasihat hukum keluarga korban tragedi Tanjung Priok 1984, kasus Araujo yang dituduh memberontak pada Indonesia untuk memerdekakan Timor Timur pada 1992.
Ada pula kasus pembunuhan aktivis buruh Marsinah yang diduga tewas di tangan aparat keamanan pada 1994.
Kemudian penghilangan orang secara paksa terhadap 24 aktivis politik dan mahasiswa di Jakarta pada 1997 hingga 1998, dan kasus lainnya.